阿根廷自1986年世界杯夺冠后，可直接晋级1990年世界杯，而其余南美劲旅将争夺2.5个名额。 共有9支球队参加了南美预选赛。 他们被分成三组。 成绩最好的两组直接第一名晋级世界杯，最差的一组参加洲际附加赛。
第一小组的三支球队是乌拉圭、玻利维亚和秘鲁。 乌拉圭无疑是本组最强的球队。 虽然他们在1989年的美洲杯上是卫冕败区的亚军，但是对付这两支同组的球队应该没有问题。 但他们在玻利维亚主场磕磕绊绊，以1:2落败。 幸运的是，他们赢得了所有其他比赛并且从未失球。 最终，他们以净胜球优势力压玻利维亚，获得小组头名。
第二小组的三支球队分别是哥伦比亚、巴拉圭和厄瓜多尔。 哥伦比亚本可以作为东道主参加1986年世界杯，但由于哥伦比亚国内形势和经济危机而放弃。 随着以巴尔德拉马为代表的一批球星开始崭露头角，哥伦比亚也具备了进军世界杯的实力。 但他们在2:0拿下厄瓜多尔后，却遭遇了两场不胜。 先是客场1:2负于巴拉圭，随后客场0:0负于厄瓜多尔。 虽然主场2:1拿下巴拉圭，1分反超对手，但哥伦比亚的比赛都打完了，巴拉圭还有一场比赛。 但是巴拉圭没有抓住机会。 客场1:3不敌厄瓜多尔，哥伦比亚幸运拿到小组头名。
第三组可能是巴西、智利和委内瑞拉三组中实力最强的。 委内瑞拉是来凑数的。 这个小组仍在关注巴西和智利之间的战斗。 万万没想到，他们之间的较量，竟酿成了世界足坛史上的一出闹剧。 由于两队在智利主场1:1握手言和，两场对阵委内瑞拉的比赛全胜，两队最后一轮的对决将决定谁是小组第一。
比赛于1989年9月3日在马拉卡纳球场进行，实力更为强大且拥有主场优势的巴西队在比赛第49分钟取得领先。 随后的几场比赛，巴西牢牢控制住局面，看似赢球没有问题，但意外却发生了。 场边的球迷开始往场内扔烟花，这在马拉卡纳似乎是家常便饭。 不料，智利门将罗哈斯用手捂住脸，痛苦地倒在地上。 当人们走近时90世界杯预选赛中国队，他们发现他被鲜血染红了。 球衣，烟花砸到他了吗？ 智利队医第一时间冲入场内，队友合力将罗哈斯抬下场90世界杯预选赛中国队，随后智利队以安全问题为由退出场内。
这是一件很严重的事情，巴西可能会被判输球，无缘世界杯。 但质疑声开始浮现，一些照片显示，罗哈斯当时距离烟花只有一米远，不可能造成如此严重的伤害。 在国际足联介入调查后，越来越多的疑点开始浮出水面。 罗哈斯的伤口是割伤而不是烧伤，球员本人在接受采访时也漏洞百出。 最终，真相大白。 原来，罗哈斯赛前在左手手套里藏了一把刀，因为他知道自己的球队没有巴西强。 他连忙掏出刀，用自己的手在脸上挠了挠。 智利和罗哈斯为此付出了沉重的代价。 比赛结果被判负，无缘1990年世界杯，并额外被禁止参加1994年世界杯，而罗哈斯则被终身禁赛。
结果是巴西和乌拉圭一起获得了世界杯的参赛资格，而哥伦比亚则对阵来自大洋洲的冠军。 令人惊讶的是，大洋洲的获胜者不是澳大利亚或新西兰，而是以色列。 虽然1-0战胜新西兰，余下三场打成平手，但以色列凭借澳新的较量获得了最后的胜利。
但是在面对哥伦比亚的时候，以色列就没有这么好的运气了。 他们在客场0:1输球，在主场0:0输球。 最终，哥伦比亚成功晋级。